Sus playas concentran la mayor colonia de lobos finos de la costa del Perú, se estima entre 5 mil a 8 mil ejemplares, mientras que el lobo chusco alcanza una población de 10.000 animales. Si bien estas cifras son variables a causa de los desplazamientos de los lobos marinos en su constante búsqueda de las áreas más apropiadas para establecerse y reproducirse, puede considerarse que es Punta San Juan en donde estos animales han encontrado, por el momento, las condiciones más convenientes para su supervivencia.
Además de los lobos marinos, en esta Zona Reservada habita la mayor colonia de pingüinos de Humboldt, (Spheniscus humboldtti) —se estima que aquí se concentra más del cincuenta por ciento de la población total de esta especie en el Perú—, así como zarcillos y las tres principales especies de aves guaneras (pelicano, guanay y piquero). Mientras que los lobos se ubican en las playas y salientes rocosas, los pingüinos buscan la protección de las cavidades que se forman en las paredes de los acantilados y las aves reposan y anidan en las escarpadas laderas y en la meseta que se extiende en su parte más alta. Esta natural distribución de las especies en el reducido territorio de la punta facilita una convivencia armónica entre ellas. Su concentración responde a la abundancia de especies marinas, sobre todo de peces, especialmente sardinas y anchovetas, producto de los afloramientos marinos frente a sus costas.
En realidad, la Zona Reservada de Punta San Juan en Marcona fue creada para proteger a las especies que habitan en una extensión de dos millas marinas frente a la punta. En efecto, el D.S. 010-85-PE, dictado en el marco de la Ley General de Pesquería, establece esta unidad de conservación con el objeto de preservar sus recursos marinos y con la finalidad de optimizar "la explotación social de los recursos pesqueros", considerando que ésta es un área típica de afloramientos costeros de alta productividad biológica. Actualmente Punta San Juan de Marcona se ha convertido en un importante centro de observación y estudio de los lobos marinos y de los pingüinos de Humboldt. Es de considerar que Punta San Juan esta amurallada en la parte continental, es decir desde la marmolera hasta la playa Las Guaneras (cerca al faro). La reserva es administrada por la entidad estatal Proabonos del Perú.
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